本院前身為聯勤第二肺病療養院

• 民國42年
  成立於台中縣中興嶺
• 民國48年
  改編為陸軍第八○五總醫院
• 民國59年
  奉令移駐花蓮縣新城鄉
• 民國65年
  分三期整建，於六十九年六月完成
• 民國75年7月
  「健全軍醫組織案」實施，編併台東陸軍八三二醫院為本院台東分院。
• 民國84年7月
  「精進軍醫組織案」實施，本院改隸國防部參謀本部，番號變更為國軍八○五總醫院，由國防部軍醫局直接督導，擔負東部地區平、戰時地區醫療支援任務。
• 民國87年7月
  國軍「精實案」第一階段實施，番號變為「國軍花蓮總醫院」迄今。