在電子病歷陸續實施之後，除了它所能提供的好處之外，相信大家都有疑慮—個人的健康資料要如何獲得保障？事實上衛生署在推動電子病歷的同時，也考量到了這一個問題。因此隱私保護的配套措施是除了電子簽章外，施行電子病歷的另一大重點。
而在目前個資法與電子病歷相關法規中，有詳細的規範規定應如何保護個人的隱私不受侵犯。
隱私權保護
√ 國際安全認證：
對於電子病歷儲存的機房設備與軟硬體設施，本院均建有完善的建置與監控的標準作業程序。並依ISO-27001資訊安全管理作業。
√ 病患同意：
在病患的同意下，需要有病患的健保IC卡、主治醫師醫事人員卡、與患者同意書，才能進行院際電子病歷交換作業。
√ 主動鎖控： 對於具有高敏感性的病歷資料，本院訂有規範須經嚴格的審核程序才能審閱。另外在院際交換的部份，自費的項目均不會進行院際交換，以保障個人隱私。
√ 被動監控： 對於電子病歷的使用者，不管是增、刪、修改、或是審閱電子病歷，系統均會留下紀錄與修改前之原始版本，用以事後追蹤。
